El Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt fue fundado el 25 de marzo de 1968, bajo la dirección del Prof. Dr. Hugo Lumbreras Cruz, distinguido parasitólogo a quien se debe mucho del desarrollo de las disciplinas vinculadas a esta especialidad en el Perú. El fue también el primer Médico Tropicalista nombrado como especialista en un Hospital peruano, el Hospital Docente del Rímac, ahora Hospital Nacional Cayetano Heredia. El Profesor Lumbreras, quien recibió adiestramiento en Alemania con auspicio de la Fundación Alexander von Humboldt, le dio por ello el nombre del conocido explorador y naturalista alemán al Instituto, con la intención adicional de propiciar el intercambio científico con Alemania y Europa.

El objetivo del Instituto es el de contribuir con sus esfuerzos a la solución de los problemas nacionales de salud, especialmente en el área de las enfermedades infecciosas y tropicales. Conscientes de que la acción terapéutica individual no es suficiente para combatir con éxito tales enfermedades, los miembros del Instituto han fomentado la investigación en todas las disciplinas científicas ligadas a la prevención y control, incluyendo aspectos clínicos, de diagnóstico, epidemiológicos, socio-antropológicos, ecológicos, y metodologías de atención a los problemas de las personas y el ambiente con participación comunitaria. Toda esta investigación está ligada estrechamente con la aplicación muy directa de los hallazgos a las estrategias de atención, y así está el ejemplo de utilización de técnicas de diagnóstico molecular (la técnica de reacción en cadena de la polimerasa, PCR) de la leishmaniasis en el campo desde 1989.