El Departamento Académico de Medicina, Cirugía y Patología Oral tiene a su cargo la formación de los estudiantes de estomatología de pregrado en los campos básicos y clínicos. En los campos básicos dicta asignaturas cuyos contenidos son fundamentales para el entendimiento de los procedimientos clínicos y en el campo clínico dicta asignaturas que capacitan a los estudiantes en el diagnóstico y tratamiento de las patologías mas prevalentes que afectan los tejidos blandos, huesos maxilares y las principales enfermedades de carácter sistémico que tienen manifestaciones en la región oral y maxilofacial.

Aun cuando el Departamento desarrolla todas sus actividades de forma integrada, se pueden identifican las siguientes áreas: a)ciencias morfológicas, b)medicina y patología oral y maxilofacial, c)radiología oral y maxilofacial y d)cirugía oral y maxilofacial.

Para cumplir con sus objetivos cuenta con: a)anfiteatro de anatomía, b)laboratorio de histología y patología oral y maxilofacial, c)servicio de diagnóstico, d)servicio de radiología oral y maxilofacial, d)servicio de cirugía oral y maxilofacial y d)servicio de infectología estomatológica.

Sus actividades docente-asistenciales las lleva a cabo en la Clínica Estomatológica Central, en el Departamento de Salud Bucal del Hospital Nacional Cayetano Heredia y en el Instituto de Medicina Tropical “Alexander von Humboltd” de la Universidad Peruana Cayetano Heredia.