Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Farmacología

Mirko J. Zimic Profesor Asociado, UPCH Grados Académicos: BSc. Física. Universidad Nacional de Ingeniería MSc.Bioquímica. Universidad Peruana Cayetano Heredia, MHS.Bioestadística. The Johns Hopkins University MHS(c) Epidemiología Genética. The Johns Hopkins University PhD Control y Prevención de Enfermedades.          The Johns Hopkins University Dirección: Universidad Peruana Cayetano Heredia Av. Honorio Delgado 430, San Martín de Porres Unidad de Bioinformática - LID Lima, Perú mzimic@jhsph.edu mzimic@gmail.com Afiliación Departamental Facultad de Ciencias Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Farmacología Teléfono: 3190000  anexo 2604 Efax (USA): (253) 423-1346

Investigación Me interesan los procesos biofísicos-moleculares responsables de las mutaciones en el ADN y su consecuencia en la evolución y eventual aplicación en terapias predictivas. Particularmente me interesa de sobre manera el efecto de la estabilidad termodinámica dell proceso de replicación del ADN sobre la acumulación de mutaciones puntuales. La Bioinformática y sus aplicaciones en problemas de Salud Pública es un área de interés personal. En la Unidad de Bioinformática LID-UPCH qué está a mi cargo, realizamos investigaciones relacionadas al desarrollo de epítopes inmunogénicos a ser usados en vacunas como en métodos de diagnóstico, el mecanismo de resistencia a pirazinamida en Mycobacterium tuberculosis, proteasas en Taenia solium como antígenos de diagnóstico, entre otros. El modelamiento estructural de proteínas y las interacciones proteína-ligando son un ejemplo de las diversas capacidades de nuestro laboratorio.

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Publicaciones

· Zimic M. A Toy Gravitational Model based on Newton’s theory and Special Relativity. Presented in the VI Peruvian congress of Mathematical Physics. Engineering National University – Journal of Physics. 1991.

· Zimic M. Armonic Oscilator Representation for the calculus of the fundamental energy using Feynman’s Diagrams perturbation theory. Engineering National University – Journal of Physics. 1992.

· Zimic M. On Field Quantization Theory in curved space-time. (Physics baccalaureate thesis). Engineering National University – Journal of Physics. 1993.

· Zimic M. Theoretical Simulation of Point Mutations Based on Thermodynamical Stability of DNA (Biochemistry Masters Thesis). 1996.

· Zimic MJ, Guerra D, Arevalo J. DNA thermodynamic pressure: a potential contributor to genome evolution. Trans R Soc Trop Med Hyg. 2002 Apr;96 Suppl 1:S15-20.

· Oberhelman RA, Gilman RH, Sheen P, Cordova J, Taylor D, Zimic M, Meza R, Perez J, LeBron C, Cabrera L, Rodgers F, Woodward D and Price L. 2003. Campylobacter Transmission in a Peruvian Shantytown: A Longitudinal Study Using Strain Typing of Campylobacter Isolates from Chicken and Humans in Household Clusters. The Journal of Infectious Diseases 187: 260-269.

· Patricia Sheen, Cesar Lopez, Melissa Mendez, Jaeson Calla, Lizeth Peña y Mirko Zimic. 2004. Aspecto moleculares de la resistencia a pirazinamida en M. tuberculosis: Implicancias para el desarrollo de nuevos métodos de diagnóstico y terapeútica. Revista de la Sociedad Peruana de Neumología. Vol 48, No. 2.

· Chinga-Alayo E, Villena J, Evans AT, Zimic M. Thyroid hormone levels improve the prediction of mortality among patients admitted to the intensive care unit. Intensive Care Med. 2005 Jul 13.

· T.F.Pelly, C.F.Santillan, R.H.Gilman, L.Z.Cabrera, E.Garcia, C.Vidal, M.J.Zimic, D.A.J.Moore, C.A.Evans. Tuberculosis skin testing, anergy and protein malnutrition in Peru. Int. J. Tuberc. Ling Dis. 9(9):1-8 2005

· Oberhelman RA, Gilman RH, Sheen P, Cordova J, Zimic M, Cabrera L, Meza R, Perez J. 2006. An intervention-control study of corralling of free-ranging chickens to control Campylobacter infections among children in a Peruvian periurban shantytown. Am. J. Trop. Med. Hyg., 74(6): 1054-1059.

· Vanessa Adaui, Kristien Verdonck, Iván Best, Elsa González, Martín Tipismana, Jorge Arévalo, Guido Vanham, Miguel Campos, Mirko Zimic, Eduardo Gotuzzo.SYBR Green-based quantitation of human T-lymphotropic virus type 1 proviral load in Peruvian patients with neurological disease and asymptomatic carriers: influence of clinical status, sex, and familial relatedness. J Neurovirol. 2006 Dec;12(6):456-65.

· Gabriel Cava, José Dávila, Jun Sotelo, Mirko Zimic, Carlos Silva, Abel Gutarra. Atomistic Modelling of the Effect of the Protein Adsorption on the (100) MgO surface. REVCIUNI, Vol. 10, N.1. 2006

· Arevalo J, Ramirez L, Adaui V, Zimic M, Tulliano G, Miranda-Verástegui C, Lazo M, Loayza-Muro R, De Doncker S, Maurer A, Chappuis F, Dujardin JC, Llanos-Cuentas A. Influence of Leishmania (Viannia) species on the response to antimonial treatment in patients with American tegumentary leishmaniasis. J Infect Dis. 2007. 195(12): 1846-1851.

· Gamboa D, Torres K, De Doncker, Zimic M, Arévalo J, Dujardin JC. Evaluation of an in vitro and in vivo model for experimental infection with Leishmania (Viannia) braziliensis and L. (V.) peruviana. Accepted for publication: Parasitology, August 2007.

· Mirko J. Zimic, Jesús Infantes, César López, Jeanette Velásquez, Marilú Farfán, Mónica Pajuelo, Patricia Sheen, Manuela Verastegui, Armando Gonzalez^†, Hector H.García, and Robert H. Gilman. Comparison of the peptidase activity in the oncosphere excretory-secretory products of Taenia solium and Taenia Saginata. Accepted for publication. Journal of Parasitology. 2007 Aug;93(4):727-34.

Publicaciones submitidas

• Mirko J. Zimic, Mónica Pajuelo, Patricia Sheen, Yanina Arana, Jacqueline Ballqui, César Lopez, Daniel Rueda, Jeanette Velasquez, Manuela Verástegui, Silvia Rodriguez, Joseph Vinetz, Armando Gonzales, Héctor H. García, Robert H. Gilman. Evaluation of a cathepsin L-like protein fraction purified from Taenia solium cysticercus fluid as an immunodiagnostic antigen and vaccine candidate. Submitted.
• Velazco Z, Zimic M, Comina G, Gilman RH, Moore D. Development of low-cost MODS plate reader to detect early growth of Mycobacterium tuberculosis. Submitted.
• Donroe J, Maurtua-Neumann PJ, Gilman RH, Acosta AT, Cain G, Parker JE, Alvarez JC, Retimozo J, Mendoza D, Zimic M, Moore D. Surveillance for early silicosis in high altitude miners using pulse oximetry. Submitted.
• Martin L, Grandjean L, Gilman RH, Caviedes L, Shiloh R, Soto G, Kawai V, Fuentes P, Valencia T, Herrrera B, Quino W, Ramos E, Montoya R, Zimic M, Escombe AR, Moore DA, Rivero M, Evans CA. Stool culture for rapid diagnosis and drug susceptibility testing of pulmonary tuberculosis. Submitted.
• Avital Harari, Liza Leung, Carmen Clarke, Mirko J. Zimic, Lilia Cabrera, Billie R. Vellapatiño, Rena Meza, Douglas Passaro, Robert H. Gilman. Helicobacter pylori Infection in a Peruvian Shantytown with Incomplete Access to Sanitation. Submitted.
• Julianna Cordova, Ron Shiloh, R.H.Gilman, Fanny Arenas, LuzCaviedes, Vivian Kawai, Giselle Soto, Diana L Williams, Patricia Sheen, Mirko Zimic, A. Roderick Escombe, Carlton A Evans. Evaluation of molecular tools for detection and drug susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis in stool specimens from patients with pulmonary tuberculosis. Submitted.

Coordinador de los siguientes cursos

Prácticas de Laboratorio en Bioquímica (pre grado)
Introducción a la Bioinformática (pre grado)
Tópicos en Análisis de Datos y Bioestadística (pre grado)

Técnicas de Laboratorio en Bioquímica  (post grado)
Bioinformática I: Análisis de Secuencias (post grado)
Bioinformática II: Modelamiento Molecular (post grado)
Bioestadística I (post grado)



Proyectos
Microscopía electrónica - oncósferas Taenia solium

Clases ofrecidas
Facultad de Ciencias
Principios Termodinámicos y Bioenergética
Estructura de proteínas
Evolución molecular

Facultad de Medicina
Bioquímica General Intermedia
Termodinamica (ppt)  Artículo

Facultad de Estomatología
Estructura cristalina del diente (link)
Bioquímica de la cariogénesis (link)

Escuela de Postgrado 
Bioenergética (link)
Espectrofotometría (Link)

Laboratorio en Aula Interactiva
Biocatálisis (Lab. Aula Interactiva) (Link)
Macromoléculas Informacionales (Lab. Aula Interactiva) (Link)
Proteínas (Lab. Aula Interactiva) (Link)

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