Modelamiento Molecular
2005
Coordinador:
Mirko Zimic, MSc. MHS. PhD(c)
Conferencistas
invitados:
Claudia Machicado,
MSc. PhD
Jesus Castagneto, PhD
Asistentes de enseñanza:
Cesar Lopez, BSc
Willy Evangelista, BSc. MSc(c)
Horario:
Martes y Jueves de 10:00 a 12:00
Lugar: Aula
de conferencias LID / Unidad de Bioinformática
Calificación:
Examen parcial 15%
Examen final 20%
Presentaciones 30%
Proyecto 30%
Concepto 5%
Libros de apoyo para el curso, disponibles en
la biblioteca de la Unidad de Bioinformática:
(SB) Structural
Bioinformatics. Bourne PE., Weissig
H.
(MPF) Mechanisms of Protein Folding. Pain RH
(PED) Protein Engineering and
Design. Carey PR
(PEP) Protein Structure
Prediction. Tsigelny IF
(PPB) Principles of Physical
Biochemistry. Kensal E.
BIOLOGICAL THERMODYNAMICS (Donlad Haynie)
BIOPHYSICS: An introduction (Rodney Coterrill)
MOLECULAR BIOPHYSICS: Structures in motion (Michel Daune)
Metal Clusters in Proteins (Edit.
Physical Properties of Polymers (James E.
Mark, et.al.)
STRUCTURE AND MECHANISM IN
PROTEIN SCIENCE (Alan
Fersht)
COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY (Pavel A. Pervzner)
STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEIC ACIDS, PROTEINS, AND
MEMBRANES ( E. Clementi)
COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY: AN INTRODUCTION (Peter Clote)
DYNAMICS OF PROTEINS AND NUCLEIC ACIDS (J.Andrew McCammon)
COMPUTER SIMULATION METHOD in Theoretical Physics (Dieter W. Heermann)
PROTEOLYTIC ENZYMES A PRACTICAL APPROACH (R.J. Beynon)
BIOINFORMATICS: A practical guide to the analysis of
genes and proteins (A. Baxevanis)
BEGINNING PERL FOR BIOINFORMATICS (James Tisdall)
BIOINFORMATCIS:Sequence and Genome Analysis (David Mount)
Cronograma:
Semana 1
Sesión #1 (6 Setiembre):
1-Fundamentos
de estructura de proteinas [SB cap2]
2-Conferencia: Introducción a la Dinámica
Molecular y la Minimización de Energía
Sesión #2 (8 Setiembre):
3-Enlaces
de Hidrógeno (art: The hydrogen bond in the solid state)
4-Interacciones electrostáticas entre cargas (art: Protein electrostatics A review of the equations and methods)
Semana 2
Sesión #1 (13 Setiembre):
5-Interacciones entre residuos aromáticos-stacking (art: pi-Stacking interactions. Alive and well in proteins)
6-Interacciones catión-pi (art: Cation-pi interactions in ligand recognition and catalysis)
Sesión #2 (15 Setiembre):
7-Interacciones de Van der Waals (art: Van der Waals Interactions Dominate Ligand-Protein Association in a Protein Binding Site)
8-Agua y el efecto hidrofóbico (art: Modeling water, the hydrophobic effect, and ion solvation)
Semana 3
Sesión #1 (20 Setiembre):
9-Campos de
Fuerza para simular energías en proteínas y complejos (art:
Docking metalloproteinase inhibitors zinc parameter optimization)
10-Conferencia: Dinámica Molecular y
Minimización de Energía (art: Folding
simulations of small proteins)
Sesión #2 (22 Setiembre):
11-Energía
libre de unión entre proteína y ligando (art: MD and free energy analyses of cathepsin
D-inhibitor interactions)
12-Ecuación
Maestra de la Energía Libre de unión (art.)
Semana 4
Sesión #1 (27 Setiembre):
13- Métodos
de Linear Interaction Energy (LIE) para la estimación del cambio de energía
libre de unión proteína-ligando (art.)
14- Métodos
de Free Energy Perturbation (FEP) para
la estimación del cambio de energía libre de unión proteína-ligando (art.)
Sesión #2 (29 Setiembre):
15-Afinidad
versus Especificidad (art.)
16-Entropía
y Unión (art.)
Semana 5
Sesión #1 (4 Octubre):
17- Métodos
computacionales para el diseño de complejos proteína-ligando (art.)
18-Complejos
proteína-ligando en sistemas celulares (art.)
Sesión #2 (6 Octubre):
19-Solubilidad
de moléculas (art.)
20-Caso de
estudio: Repotenciación de la Rifaximina
Semana 6
Sesión #1 (11 Octubre):
21-Conferencia: Cavidades en proteínas
Sesión #2 (13 Octubre):
22-Threading: Protein structure prediction by threading:
force field philosophy, approaches to
alignment. [PSP cap10]
23-Caso de
estudio: Mecanismo de infección de la oncósfera de Taenia solium
Semana 7
Sesión #1 (18 Octubre):
24-Modelos
cinéticos en el plegamiento de proteínas [MPF cap2]
25-Caso de
estudio: Proteínas de fusión en el desarrollo de vacunas
Sesión #2 (20 Octubre):
26-Evolución
de la estructura de proteínas y la base de datos SCOP [SB cap12]
27-Los
dominios de estructura y la base de datos CATH
[SB cap13]
Semana 8
Sesión #1 (25 Octubre):
28-Comparación
de estructuras (DALI, Comparer). [SB cap16]
Sesión #2 (27 Octubre):
-Examan parcial
Semana 9
Sesión #1 (31 Octubre):
29-Conferencia: Tuberculosis: Mecanismo de acción y resistencia a pirazinamida
30-Relación estructura-actividad de
la pyrazinamidasa
de M.T. I (art.)
-Proyecto
Sesión #2 (3 Noviembre):
31-Relación
estructura-actividad de la pyrazinamidasa de M.T. II (art.)
-Proyecto
Semana 10
Sesión #1 (8 Noviembre):
32-Conferencia:
Metaloproteínas y la coordinación con Zn (art)
-Proyecto
Sesión #2 (10 Noviembre):
33-Charla: Sistema
Operativo LINUX y el programa de modelamiento molecular GROMACS
-Proyecto
Semana 11
Sesión #1 (15 Noviembre):
34-Charla:
Paralelismo: LAM MPI
-Proyecto
Sesión #2 (17 Noviembre):
35-Charla:
Dinámica Molecular de PZAsa en presencia de Zn
-Proyecto
Semana 12
Sesión #1 (22 Noviembre):
36-Charla: Dinámica
Molecular de PZAsa en presencia de Zn y PZA: Energías de interacción.
-Proyecto
Sesión #2 (24 Noviembre):
37-Caso de
estudio: Catepsina L de Leishmania Brasiliensis
-Proyecto
Semana 13:
Sesión #1 (29 Noviembre):
38-Caso de
estudio: El dímero de hemoglobina como posible unidad alostérica
-Proyecto
Sesión #2: (1 Diciembre)
39-Caso de
estudio: ISFETS y su capacidad de identificar interacciones proteína-ligando,
antígeno-anticuerpo.
-Proyecto
Semana 14:
Sesión #1 (6 Diciembre):
-Proyecto
Sesión #2 (9 Diciembre):
-Proyecto
Semana 15:
Sesión #1 (13 Diciembre):
-Proyecto
Sesión #2 (15 Diciembre):
-Proyecto
Semana 16: (20 Diciembre)
Examen final