Curso: Modelamiento Molecular

2004

Bibliografía:

(SB) Structural Bioinformatics. Bourne PE., Weissig H.

(MPF) Mechanisms of Protein Holding. Pain RH

(PED) Protein Engineering and Design. Carey PR

(PEP) Protein Structure Prediction. Tsigelny IF

(PPB) Principles of Physical Biochemistry. Kensal E.

Semana 1:

-Fundamentos de estructura de proteinas [SB cap2] (Francesca) (se recomienda revisen la lectura: http://swissmodel.expasy.org/course/course-index.htm)

-Dinámica molecular (MZ)

Semana 2:

-Artículo: “Crystal structure and mechanism of catalysis of a pncA from PH” (Willy)

-Artículo: “Study of the structure–activity relationships for the pyrazinamidase (PncA)

from Mycobacterium tuberculosis” (Gladys)

-Mecanismo de acción de la pirazinamida en M.tuberculosis (MZ)

Semana 3:

-Artículo: ‘Simulating water and the molecules of life’ (Giovanna)

-Interacciones débiles (MZ)

Semana 4:

-Fundamentos de estructura de ADN y ARN [SB cap3] (Willy)

-Minimización de energía (MZ)

Semana 5:

-Evolución de la estructura de proteínas y la base de datos SCOP [SB cap12] (Francesca)

-Artículo: “Van der Waals Loop n lock structure in globular proteins” (Gladys)

Semana 6

-Termodinámica molecular [PPB cap 10] (Willy)

-Aplicaciones de la distribución de Boltzmann (MZ)

Semana 7:

-Los dominios de estructura y la base de datos CATH [SB cap13] (Giovanna)

-Fundamentos de la Mecánica cuántica (MZ)

Semana 8:

-Comparación de estructuras (DALI, Comparer). [SB cap16] (Francesca)

-Plots de variación conformacional (MZ)

Semana 9:

-Artículo: “Imitating the humoral immune response” (Gladys)

-Uso de epítopes MHC I, II para el diseño de vacunas (Cesar Lopez)

Semana 10:

-Modelamiento por homología (Giovanna)

Semana 11:

-Threading -Protein structure prediction by threading: force field philosophy, approaches to alignment. [PSP cap10] (Francesca)

-Artículo: “Baseline for protein fold recognition” (Gladys)

Semana 12:

-Modelos cinéticos en el plegamiento de proteínas [MPF cap2] (Willy)

-Cinética simple de hibridación del ADN (MZ)

Semana 13:

-Structure prediction meta server [PSP cap15] (Giovanna)

-Rosetta (Cesar Lopez)

Semana 14:

-Predicción de interacciones proteína-proteína a partir de información evolutiva

[SB cap20] (Gladys y Willy)

Semana 15:

-Estrategias para el diseño de proteínas ‘noveles’. [PED cap1] (Francesca y Giovanna)

Semana 16:

-Presentación y discusión final de proyecto

-Presentación y discusión final de proyecto